Marie Guillot débute la flûte traversière à l’Ecole d’Enseignement Artistique de Tournefeuille (banlieue toulousaine) où elle obtient le 1er prix de flûte traversière, mention très bien à l’unanimité. Elle s’installe ensuite à Paris pour se perfectionner. Elle obtient le Diplôme d’Etudes Musicales au conservatoire de Blanc Mesnil dans la classe de Christine Dresse et le Diplôme supérieur de l’Ecole Normale de Musique de Paris dans la classe de Patricia Nagle. Son grand intérêt pour les disciplines théoriques lui permet de valider ses diplômes d’analyse musicale et d’histoire de la musique avec la mention très bien. De plus, elle a étudié pendant 5 ans l’écriture musicale au conservatoire de Paris dans la classe de Jean-Michel Bardez.
Au cours de sa formation, elle participe à des classes de maîtres avec des flûtistes de grande renommée comme Alexis Kossenko ou Emmanuelle Ophèle. En outre, elle reçoit les conseils de Sandrine Tilly.
Attirée par toutes les musiques et le concert sous toutes ses formes, Marie a pu s’investir dans des projets artistiques variés. Elle se produit en musique de chambre, du duo au quintette; en soliste ; en orchestre, pour des concerts symphoniques, lyriques, ou des cinés-concerts (elle a par ailleurs créé une œuvre pour 2 flûtes et orchestre composée par F.Caracciolo) ; ou encore au sein de groupes de musiques dites « actuelles », notamment jazz et chansons françaises. Elle a aussi travaillé avec différentes compagnies de théâtre pour des spectacles allant de la comédie musicale aux contes musicaux pour enfants.
Passionnée par l’enseignement, Marie est amenée à enseigner dans divers établissements et est actuellement professeur de flûte, d'option musique au BAC et en charge de la direction de l'orchestre symphonique au Pôle musical de Magny-les-Hameaux (78). Elle intervient également dans les écoles et hôpitaux pour donner des concerts pédagogiques, démarche qu’elle affectionne particulièrement.